Dalai Lama ke-6 menikmati gaya hidup yang merangkumi minum arak, main perempuan, dan menulis lagu cinta. Selepas mengisytiharkan bahawa Dalai Lama itu tidak wajar menjadi sami, Lha-bzang Khan, ketua Mongol, menyerang Tibet dengan kebenaran maharaja Kangxi China pada tahun 1705. Dalai Lama itu meninggal dunia tidak lama kemudian, mungkin dibunuh. Orang Tibet dengan marah menolak calon Dalai Lama yang palsu yang dibawa oleh Lha-bzang, dan meminta bantuan daripada puak Dzungar (atau Oyrat), salah satu puak Mongol. Puak Dzungar menewaskan dan membunuh Lha-bzang, tetapi kemudian mula menjarah Lhasa dan merampas barang-barang makam Dalai Lama ke-5. Mereka kekal di Tibet sehingga diusir oleh sebuah ekspedisi Qing China pada tahun 1720. Tentera Qing melantik Kelzang Gyatso sebagai Dalai Lama ke-7 dan dialu-alukan sebagai pembebas dan penaungnya. Selepas pengunduran tentera Qing dari Tibet Tengah pada tahun 1723, suatu tempoh perang saudara menyusul. Pada masa yang sama, Amdo diisytiharkan sebagai sebuah wilayah Cina yang dinamai Koko Nor (tasik biru). (Kawasan ini kemudian menjadi provinsi Qinghai pada tahun 1929.)

China mula menugasi dua orang amban (pesuruhjaya tinggi) untuk bekerja di Lhasa in 1727. Para ahli sejarah yang menyokong China memperdebatkan bahawa kehadiran amban merupakan kedaulatan China, sedangkan mereka yang menyokong Tibet cenderung menyamakan amban dengan duta. "Hubungan antara Tibet dan China (Qing) adalah antara sami dan penaung, dan tidak berdasarkan pengetepian antara satu sama lain", menurut Dalai Lama ke-13. [32]

Pho-lha-nas memerintah Tibet dengan bantuan China antara tahun-tahun 1728-1747. Beliau memindahkan Dalai Lama dari Lhasa ke Litang supaya menyusahkan Dalai Lama mempengaruhi kerajaannya. Selepas kematian Pho-lha-nas, anak lelakinya memerintah sehingga dibunuh oleh para amban pada tahun 1750. Ini mencetuskan sebuah rusuhan yang mengakibatkan para amban dibunuh. Sebuah angkatan tentera Cina masuk ke Tibet dan memulihkan ketenteraman. Pada tahun 1751, Maharaja Qianlong mengeluarkan sebuah dekri 13-perkara yang membubarkan jawatan rejen (desi) yang ditubuhkan oleh kerajaan Tibet dan sebagai ganti, menubuhkan kashag, majlis negara yang terdiri daripada empat orang menteri, serta memberikan kuasa yang rasmi kepada para amban. Dalai Lama dikembalikan ke Lhasa untuk mengetuai kerajaan yang baru.

Pada tahun 1788, Raja Prithvi Narayan Shah, raja Gurkha, menyerang Tibet. Tidak berupaya menewaskan tentera Gurkha, Tibet meminta bantuan daripada Dinasti Qing di China. Tentera Qing-Tibet menewaskan tentera Gurkha dan menyerang Nepal.

Maharaja Qianlong kecewa akan keputusan yang dicapai oleh dekri yang dikeluarkannya pada tahun 1751, serta prestasi para amban. "Hal-ehwal tempatan Tibet ditinggalkan kepada kehendak hati Dalai Lama dan ahli-ahli Kashag," baginda bertitah. "Para Pesuruhjaya tidak berupaya melakukan tanggungjawab mereka, dan juga dikekalkan dalam kejahilan. Keadaan ini mengurangkan jawatan Pesuruhjaya Tetap di Tibet menjadi suatu jawatan pada nama sahaja." [33]

Pada tahun 1792, maharaja China mengeluarkan sebuah dekri 29-perkara yang kelihatan bertujuan untuk mengetatkan kawalan Cina ke atas Tibet. Ia mengukuhkan kuasa para amban yang secara teori, diberikan pangkat yang setanding dengan Dalai Lama dan Panchen Lama, serta kuasa untuk hal-ehwal kewangan, diplomasi, dan perdagangan. Dekri itu juga menggariskan suatu kaedah yang baru untuk memilih kedua-dua Dalai Lama dan Panchen Lama melalui sebuah loteri yang dikendalikan oleh para amban di Lhasa. Dalam loteri ini, nama-nama calon yang bersaing ditulis dalam kertas-kertas yang dilipat dan diletakkan ke dalam sebuah pasu emas. [34] Dalai Lama ke-10, ke-11, dan ke-12 dipilih melalui kaedah pasu emas. [35] Dalai Lama ke-9, ke-13, dan ke-14 dipilih oleh labrang, rombongan pengiring penjelmaan semula yang dahulu, dengan pilihannya diluluskan oleh Beijing selepas pemilihan.

Tentera British memaksa tentera Tibet supaya berundur dari Nepal. Pada abad ke-19, kuasa kerajaan Qing mula merosot. Ketika askar-askar Cina yang ditempatkan di Lhasa mula mengabaikan tugas ketenteraan mereka, para amban hilang pengaruh. Selepas serangan Tibet oleh Jeneral Zorawar Singh, perang-perang ditempur di Kemaharajaan Jammu di India, dan diselesaikan dengan perjanjian-perjanjian perdamaian dengan Maharaja Gulab Singh di Ladakh pada tahun 1841, [36] serta dengan Nepal pada tahun 1856, [37] tanpa sebarang penglibatan Beijing. Perjanjian dengan Nepal itu memperuntukan sebuah perutusan Nepal di Lhasa yang kemudian membenarkan Nepal untuk menuntut hubungan diplomatik dengan Tibet dalam permohonan keahliannya kepada Pertubuhan Bangsa-Bangsa Bersatu pada tahun 1949. [38]